企業が所有する土地や建物を売る際に気をつけること

不動産を売却しようとお考えの経営者の方。

不動産を売却するときには税金が発生しますが、このことを知っている方は多いでしょう。

では、「個人と法人の不動産売却で、税金の考え方にどのような違いがあるか」はご存知でしょうか？

不動産を持つ経営者の中には、不動産売却でかかる税金について詳しく知らないという人は、きっと多いでしょう。

不動産売却を検討しているのであれば、課税の仕組みはぜひとも知っておきたいところです。きちんと把握していなければ、想定外に税金が多くかかることも考えられます。

そこで、今回は法人が不動産売却をするときにかかる主な税金の種類と、注意点について詳しく解説していきます。

税金の種類～法人が不動産を売却する時～

法人が所有する不動産を売却するときには、契約や登記の手続きに伴う税金、そして売却益が出た場合の法人税等など、いくつかの税負担が発生します。

どんな税金がかかるのかを把握していないと、不動産を売ろうと思った時に想定以上に税金がかかり、売るかどうかもう一度考え直すなんていうことになりかねません。

そうならないためにも、法人の不動産売却時にかかる税金の種類について、整理していきましょう。

法人が不動産を売却するときに関係する税金は、主に以下が挙げられます。

• 印紙税（売買契約書などの課税文書）
• 登録免許税（登記手続きに伴う税金）
• 不動産売却益にかかる法人税等（法人税・法人住民税・法人事業税等）

また、取引内容や会社の状況によっては、消費税の取扱いも重要になります（後半で解説します）。

1つずつ見ていきましょう。

印紙税

印紙税とは、不動産を売却した際、不動産売買契約書などの課税文書に印紙を貼るときにかかる税金です。

印紙税の金額は、契約書に記載された契約金額によって変わります。また、不動産譲渡契約書等については、一定期間、税額が軽くなる軽減措置が適用されます（適用期限や対象文書は改正され得るため、最新の税額表で確認してください）。

具体的には、例として下記のような課税額になります（税額は契約金額・文書の種類・作成日で変わります）。

不動産売却額	印紙税（例）
500万以下	非課税～1000円
500万～1000万円	5000円
1000万～5000万円	1万円
5000万円～1億円	3万円

なお、不動産譲渡契約書（契約金額10万円超）などの印紙税の軽減措置は延長されており、作成日が令和9年3月31日までのものについて軽減税率が適用されます。

登録免許税

次に登録免許税は、不動産を登記する手続き時に必要となる税金です。

不動産登記は、所有者が誰なのかを公示する重要な手続きであり、不動産売却後の所有権に関するトラブルを未然に防ぐことにもつながります。

登記にはいくつか種類があり、代表的なものとして所有権の移転登記、抵当権の抹消登記などが挙げられます。

登録免許税の税率は登記の内容で異なり、軽減措置があるものもあります。たとえば、土地の売買による所有権移転登記は軽減税率の対象となる場合があり、軽減措置には適用期限があります（例：令和8年3月31日までとされるものがあります）。

なお、どの登記を誰が負担するかは契約で定めます。一般的には所有権移転登記は買主負担とされることが多い一方、売主側では抵当権抹消登記等の費用が発生するケースがよくあります。

法人税等（不動産売却益にかかる税金）

不動産売却で利益（売却益）が出た場合、その利益は法人の課税所得に算入され、法人税等（法人税・法人住民税・法人事業税等）の計算に反映されます。

ここで重要なのは、法人の場合「譲渡所得税」という独立した税目があるというよりも、不動産売却益が会社の利益（所得）に合算されて課税関係に影響するという整理です。

法人の不動産売却益にかかる税金の考え方（譲渡所得の税金）

不動産売却に関する税金の計算は、法人と個人で共通する部分もありますが、課税の枠組みは異なります。

ポイントは、下記の2点です。

• 法人で課税対象となるのは「売却益（売却価額－帳簿価額－譲渡費用など）」が出た場合
• 売却益は原則として法人の課税所得に算入され、法人税等の計算に反映される

法人で課税対象となる条件（売却益が出た場合）

法人が不動産を売却して税負担が増えるのは、一般に売却価額が帳簿価額（取得価額から減価償却等を控除した金額）などを上回り、売却益が出た場合です。

常に税金が増えるわけではないことを押さえておきましょう（損失が出る場合もあります）。

法人は「会社の利益」に合算して課税される

個人の不動産売却益は「分離課税」として別建てで課税される一方、法人では、不動産売却も事業活動の一部として扱われ、売却益は会社の利益として本業の損益と合算されます。

そのため、不動産売却の税負担は「不動産だけ」で決まるのではなく、その事業年度の会社全体の利益（費用の状況も含む）によって変動します。

また、「法人の方が税率が必ず低い」と言い切れるものではありません。会社の利益水準、所在地、外形標準課税の有無などで負担感は変わります。

代表的な税率（目安）と、都度確認が必要な理由

法人の不動産売却益は、法人の課税所得に算入され、法人税等（法人税・法人住民税・法人事業税等）の計算に反映されます。

代表的な税率として、法人税（国税）は原則23.2%で、資本金1億円以下の中小法人等は所得のうち年800万円以下の部分に15%（一定の場合は17%）の軽減税率が適用されます。

ただし、実際の税負担（いわゆる実効税率）は法人税だけで決まらず、所在地や会社規模、地方税の税率（標準税率・超過税率）、外形標準課税の有無などで変動します。標準税率ベースの例では、資本金1億円超の普通法人で実効税率が約30%前後になるケースがありますが、あくまで目安です。

売却前に最新の税率・適用関係を確認し、税理士等に試算を依頼して手取り額を把握しておくと安心です。

法人が不動産を売却する時の注意点（消費税）

法人の不動産売却で注意したいのが、消費税の取扱いです。

消費税は「誰が所有しているか」よりも、「事業として対価を得て行う譲渡か」「非課税取引か」などで取扱いが決まります。消費税の標準税率は10%です。

まず、「土地の譲渡は原則非課税、建物等の譲渡は課税となる場合がある」ことを押さえましょう（売主が課税事業者に該当するか等の前提により変わります）。

また、消費税の納税義務は基準期間（原則2期前）の課税売上高などで判定されますが、例外（特定期間の判定等）もあるため、売却前に税理士へ確認するのが確実です。

たとえば、建物部分の譲渡対価が1,000万円で課税取引に該当する場合、消費税10%なら消費税は100万円となります。

建物と土地を一緒に売却したときは、原則として建物部分にだけ消費税が課税されます。通常、消費税の内訳（建物と土地の金額）は売買契約書に記載されますが、記載がない場合は固定資産税評価額等を用いて按分することがあります。

たとえば、建物と土地の固定資産税評価額が1：1で売却金額が2,000万円だった場合は、建物部分1,000万円に課税される前提なら、消費税は10%で100万円です。

土地は原則非課税である点を踏まえ、契約内容・按分の根拠を整理しておくことが大切です。

経費として認められる費用

法人が不動産を売却するときには、さまざまな費用が発生します。不動産売却時の費用は、経費として算入できるものがあるため、押さえておきたいポイントです。

代表的な費用として挙げられるのは、印紙代や仲介手数料、抵当権抹消手続きのための費用になります。

印紙代

印紙代は、前章で説明しましたが、不動産の売却額に応じて発生する税金です。この税金についても、経費として計上可能です。

仲介手数料

次に仲介手数料は、不動産を購入してくれる契約者を探してくれた不動産仲介業者に成功報酬として支払う金額を指します。

一般的に、不動産仲介業者をはさまず、個人や法人のみで不動産を購入してくれる人を探すのは非常に困難です。

したがって、法人が不動産を売却する際には、不動産仲介業者を活用するケースが多くなります。

なお、仲介手数料には上限があり、売買代金に応じて計算します（下表は一般的な上限の考え方です）。

売却額	仲介手数料の上限
200万円以下	売却額5％＋消費税
200万～400万円	売却額×4％＋2万円＋消費税
400万円以上	売却額×3％＋6万円＋消費税

不動産仲介業者は、この上限の範囲内で報酬額を提示するのが一般的です。

抵当権抹消手続きの費用

また、売却しようとしている不動産に抵当権が設定されている場合、抵当権抹消登記などの手続きが必要になることがあります。

抵当権を抹消しないままで不動産を売却できないケースもあるため、抹消の手続きが必要です。

抵当権の抹消を司法書士に依頼する場合は、司法書士報酬も支払うことになるため、事前に見積もりを取っておくとよいでしょう。

個人に売却する際の注意点

法人は、所有する不動産を個人に売却することも可能です。

ただし、特に役員や関係者に売却する場合は、税務上の論点が出やすいため注意が必要です。

法人が所有する不動産を役員に売却した場合、売却価額が時価に比べて著しく低い（または高い）ときは、税務上の取り扱いとして、時価で取引したものとして扱われる（または寄附金・給与等として整理される）可能性があります。

そのため、売却価額の妥当性を説明できる資料（査定書、鑑定評価、近隣の成約事例等）を準備しておくと安心です。

たとえば、取得額1,000万円・売却額2,000万円であっても、時価が5,000万円と評価される状況で著しく低い価額で譲渡したと判断されると、課税関係が複雑になる可能性があります。

法人が個人に不動産を売却する際は、取得額・帳簿価額・時価の整理を行ったうえで、税理士等と相談しながら売却条件を検討しましょう。

不動産関係は専門家のサポートを

不動産の売却は、不動産仲介業者なしで行うのは難しいものがあります。

その理由は、「不動産売却開始価格の設定が難しいこと」「必要書類の作成が面倒」などの理由が挙げられます。

不動産売却開始価格の設定は、価格設定を間違えると損をする可能性が高いです。相場よりも高く設定すれば、買い手はつきにくいですし、逆に安く設定すれば、思った以上の利益を上げることはできません。

そのため、売却開始価格の設定は、経験値の高い専門家に任せた方が安全です。必要書類の作成についても、不動産に関する専門知識がなければ、書類を用意するだけでも難しいでしょう。

その上、不動産取引は、契約条件の調整や引渡し前後の対応など、実務的な負担も大きい分野です。経験が少ない場合は、専門家の関与でスムーズに進めやすくなります。

不動産仲介業者に依頼すれば、売却までのプロセスは進めやすくなりますが、そこで問題になりやすいのが、税金の試算です。

不動産売却に関する税金の計算は、契約内容（按分）、消費税の判定、取得費・譲渡費用の整理など、論点が多岐にわたります。

そのため、不動産売却に関する税金については、税理士や司法書士など不動産売却に関連する専門家のサポートを受けることが賢明です。

不動産の売却を考えている法人の経営者は、まず不動産仲介業者、そして税理士・司法書士のサポートを受けられるよう、事前に準備しておくことが重要です。

法人の売上利益に応じて売り時を判断

法人による不動産の売却は、会社の運営状況によって、手取りや翌期以降の資金計画に影響が出ることがあります。

たとえば、本業の利益が小さい年度であっても、不動産売却で大きな利益が出れば、その分課税所得が増え、法人税等の負担が増える可能性があります。

次年度の会社運営（設備投資、借入返済、資金繰りなど）も考慮するのであれば、売却タイミングを検討することが大切です。

また、法人の状況によっては、設備の切り替え、退職金の準備など、費用（損金）として計上できるものが多い時期があるかもしれません。

そのような時期に売却することで、売却益が出ても同時に費用計上があり、結果として課税所得が圧縮されることがあります。ただし、安易な税負担の見込みだけで判断するのではなく、資金計画と合わせて検討しましょう。

法人が不動産売却するときには、不動産の利益と本業の損益は合算されるという点を忘れてはいけません。売却タイミングによって税負担や手取りが変わる可能性があるため、試算を行いながら慎重に判断していきましょう。