企業・個人事業主に対する調査　対策法を解説

法人経営を行っていると、税務調査を避けて通ることはできないものです。

このページをご覧の経営者の方や個人事業主の方の中には、突然税務調査の通知が来て焦っているという方もいらっしゃるかもしれません。

税務調査は、正しく対処をすれば必要以上に恐れるものではありません。

税というと複雑な印象があるため慌ててしまいがちですが、税務調査においてどのような点がチェックされやすいのかを事前に理解しておけば、精神的な負担を減らすことができるでしょう。

まず重要なことは、気をつけるべきポイントをあらかじめ点検して、税務調査の際にきちんと受け答えをすることです。そのために、今回この記事では、法人の税務調査がどのように行われるのかについて、詳しく解説します。

税務調査の具体的な流れから注意すべきポイントまで説明していますので、いつ法人へ税務調査が来ても対応できるように確認していきましょう。

法人は知っておくべき　税務調査って何？

税務調査とは、税務署などが、納税者の税務申告の内容が正しいものであるかを確認するための調査です。

会社を経営していると毎年税務申告を行う必要がありますが、この申告に誤りがあると税額にも影響するため、確認が行われることがあります。

税務調査の結果、申告内容に誤りが見つかれば、法人は是正を求められたり、追加で納税することを求められたりする場合があります。

経営者や経理担当者にとっては、時間的・精神的な負担があるといえるでしょう。

また、法人に対する調査だけでなく、経営者個人に関する事項が確認されることもあります。

これは、会社と個人の取引や資金の流れが適切か（会社の支出が私的に使われていないか等）といった観点で確認されることがあるためです。

税務調査は毎年必ず行われるものではなく、申告内容や取引状況などを踏まえて必要に応じて実施されます。「何年に1回」といった一律の周期が決まっているわけではありません。

税務調査の対象となりやすい例には、いくつかのパターンがあります。例えば、急激な黒字、もしくは赤字になり納税額に大きな変動があった場合や、売上・仕入・外注費などが急に増減したときなどです。

また、同業他社に比べて交際費などの経費の割合が多かったり、消費税の還付を受けていたりするような会社も、確認対象になりやすいケースがあります。

いずれにしても、会社経営を行っている以上、税務調査の可能性はゼロにはできません。そのため、日ごろから正しい経理処理を行っておく必要があります。

税務調査で担当者から質問された項目については、きちんと説明を行えるように、事前に会社の書類や帳簿を整えておくことが大切です。

そのためには、税務調査では実際どのような流れで何が確認されやすいのかを知っておきましょう。税務調査の内容について、詳しく見ていきます。

任意調査と強制調査

税務調査には、大きく分けて2種類があります。

一般的に実施される調査のことを「任意調査（通常の実地調査）」といい、強制的に行われる調査を「強制調査（査察）」と呼びます。

任意調査は、多くの法人・個人事業主が対象となる通常の税務調査で、事前に日程等の連絡を受けたうえで帳簿書類等の確認が行われます。

一方、強制調査（査察）は、悪質な脱税が強く疑われるなど一定の場合に、国税局査察部が関与して行われるものです。通常の経理処理の範囲であれば、一般的には任意調査として進むケースが多いでしょう。

税務調査の一般的な流れ

税務調査が実施されるときに慌ててしまわないためにも、税務調査の一般的な流れを押さえておくことが大切です。

順序立てて説明していくので、確認していきましょう。

税務調査の事前連絡

税務調査（任意調査）が行われるときには、通常、税務署から法人や顧問税理士に対して事前に連絡があり、日程調整が行われます（連絡時期は案件により異なります）。

税務署から提示された日程で都合がつかない場合には、変更できることもありますが、調整のやり取りは早めに行い、誠実に対応することが大切です。

なお、状況によっては事前連絡が行われない形で進む場合もあります。突然の対応が不安なときは、顧問税理士がいる場合は速やかに連絡し、対応方針を相談しましょう。

事前調査（事前の確認・検討）

税務署では、納税者に事前連絡を行う前に、申告書・決算書の内容や過去の申告状況、取引の概要などを踏まえて、事前に確認・検討が行われることがあります。

売上や仕入、経費などを過去の数字と比較して、説明が必要になりそうな点がないかを確認するイメージです。

税務調査1日目

税務調査は、おおむね2日間に分けて行われることが多いです。税務調査当日は、調査官が来社し、身分証明書を提示するため確認しましょう。

午前中は帳簿の確認というよりも、雑談を交えながら会社の近況を尋ねられることがあります。帳簿に記載されていない内容の聴き取りに近い意味合いです。

尋ねられる内容としては、法人の沿革や業務内容、取引先や金融機関との取引条件、役員や従業員の状況などです。

そして、午後からは会社の帳簿や書類のチェックが細かく行われます。売上の計上や代金回収の流れ、仕入や外注費のチェック、期末棚卸資産の計上などを確認されることがあるため、必要な書類や帳簿を準備しましょう。

税務調査2日目

1日目の調査が終わると、調査官は税務署内で内容を整理し、2日目の税務調査に備えます。

調査2日目は、主に人件費や一般管理費、雑収入や資産勘定などについて確認されることがあります。

消費税や印紙などについても確認される場合があるため、必要な帳簿をあらかじめ整えておきましょう。

税務調査は、一般的には2日で終了することが多いものの、十分に確認できなかった項目については引き続き確認作業が行われる場合があります。

追加資料の提出要請や取引先・金融機関への確認が行われることもあり、調査後に税務署側の見解が整理されます。その後、顧問税理士経由で連絡があり、修正申告の要否などについてやり取りが行われる流れです。

法人が税務調査で確認されやすいポイント（例）

税務調査では、会社の状況や申告内容に応じて、確認されやすいポイントがあります。例として、下記のような項目が挙げられます。

1. 売上計上のチェック
2. 仕入れ・外注費のチェック
3. 期末棚卸資産計上のチェック
4. 実地の確認（外観など）
5. 現金取引の確認
6. 現況確認・現金確認
7. 人件費
8. 労務費（外注人件費など）
9. 反面調査
10. 損益計上（計上時期）・税率適用など

売上計上

まず、売上計上のチェックについては、法人と顧客との取引において、どのような流れで受注して代金を回収しているのかが確認されることがあります。

その際、納品書や請求書の作成時期、領収証の使用状況などが確認ポイントになりやすいです。また、売上に関する証票類と帳簿との照合が行われることもあります。

仕入れ・外注費

次に仕入や外注費ですが、発注から代金の支払いまでの流れが確認されることがあります。

請求書や領収証と仕入帳（外注費台帳等）の照合が行われ、数値の整合性や取引実態が説明できるかが見られやすいです。

期末棚卸資産

期末棚卸資産の計上については、棚卸のメモや在庫表と、申告書の棚卸明細書との整合が確認されることがあります。

在庫状況をもとに、期首にさかのぼって計算されるケースもあります。

実地の確認（外観など）

調査では、帳簿だけでなく、事業の実態（店舗の運営状況、設備や在庫の状況など）が確認されることがあります。

取引実態の説明に関連して、店舗・事務所の状況や、業務の流れが質問されるケースを想定しておくとよいでしょう。

現金取引の確認

現金取引が多い業種では、売上計上の方法（レジ処理、日計表、入金管理など）が確認されやすいです。

売上の記録・入金の記録・帳簿の数字がつながるように、日頃から整えておくことが重要です。

現況確認・現金確認

税務調査では、「現況確認」や「現金確認」が行われる場合もあります。

現況確認は、帳簿書類の保管場所や実務の運用状況（証憑の整理状況、保存方法など）を確認するイメージです。調査官が経営者や経理担当者のデスクや、金庫・書類の保管場所などを確認することがあります。

現金確認は、現金残高と現金出納帳の残高が一致しているかを確認する作業です。不一致があると追加の説明や資料提出が必要になることもあるため、日頃から整合が取れる管理を心がけましょう。

人件費

人件費については、給与台帳・源泉徴収・出勤記録などと整合するかが確認されることがあります。

必要に応じて、役員報酬や、パート・アルバイトなどの支給実態について質問されるケースもあるでしょう。

労務費（外注人件費など）

労務費（外注先への支払い等）がある場合は、業務内容・契約形態・請求書や作業報告などをもとに、取引実態が説明できるかが確認されやすいです。

「外注費として処理しているが、実態は給与に近いのでは」といった観点で確認されることもあるため、契約書や成果物の記録を整えておくと安心です。

反面調査

反面調査とは、調査先の法人のみでは事実関係の確認が困難であるときに行われることがあるもので、取引先や金融機関に対して確認が行われるケースを指します。

取引先に確認が入る可能性も踏まえ、請求書・契約書・納品書・入金記録などを整理しておくと、説明がスムーズになります。

なお、取引先等へのいわゆる反面調査については、事前通知に関する法令上の規定はありませんが、運用上は原則として事前に連絡が行われるとされています。

損益計上（計上時期）・税率適用など

※ここでは、費用や収益の計上時期（いつの年度に入れるか）や、会計処理・税務処理の“適用時期のルール”が論点になるケースを指します。

例えば、売上や費用の計上時期が適切か、消費税の税率適用や経過措置（対象となる条件の有無）などについて、契約書や請求書の内容と整合しているかが確認されることがあります。

税務調査で確認される項目は多岐にわたるため、ひとつひとつの根拠となる書類の提示や帳簿の説明が大切になります。

以上が、確認されやすいポイントの例でした。

税務調査では確認事項が多いため、ヌケやモレがないように書類を揃えることが重要です。どうすれば良いのかわからないときには、税理士に相談すると安心です。

また、法人の税務調査の際には、他にも注意しておきたいポイントがあります。次の章で説明していくので、見ていきましょう。

注意点①　意図的な不正は重大なリスク

税務調査では帳簿書類や取引内容が確認されるため、申告内容に問題がある場合は指摘を受ける可能性があります。

意図的な隠ぺい・仮装など悪質と判断されると、重いペナルティ（重加算税など）の対象になることもあります。

会社を守るという意味でも、日頃から正確な処理と申告を心がけましょう。

税務調査の結果、修正申告が必要になる場合は、税理士のサポートも受けながら適切に対応する姿勢が大切なポイントです。

注意点②　売上の計上漏れに注意

税務調査において注意しておきたいポイントとして、売上の計上があります。

売上の計上漏れがあると、結果として税額に影響します。単純なミスであっても、取引の経緯や根拠資料が不十分だと、事実確認に時間を要したり、修正申告や追加納税が必要になることがあります。また、状況によっては延滞税や加算税が発生する可能性もあるため、証憑の保管と突合を徹底しましょう。

特に、普段から現金を取り扱うことが多い飲食業や小売業などの法人では、日計表・レジデータ・入金記録と売上計上の突合を習慣化しておくと安心です。

法人税などの計算は収益をベースとして算出されるため、計上漏れがないように心がけておくことが重要なポイントだといえます。

わずかな経理処理のミスであっても、そこから徐々に処理がずさんになってしまうこともあるものです。

経営者や経理担当者が常に高い意識を持っておくことが大切であり、同時に従業員に対してもルールを周知しておきましょう。

交際費や仮払金の精算など、日々の細々とした経費を適切に処理するところから、正しい納税意識が醸成されていくでしょう。

注意点③　取引先・関連先への確認が入る可能性

先ほどご説明しましたが、取引の流れに不審な点があったり、説明資料が不足していたりする場合には、反面調査が行われる可能性もあります。

調査先の法人だけでは事実関係がはっきりとしない場合に行われることがあるもので、取引先にも負担がかかることがあります。

信用面の影響を避けるためにも、適切な経理処理と、取引を説明できる証憑管理を意識しておくことが大切です。

また、ケースによっては、関連会社や代表者個人など、関連先に対する確認が同時期に行われることもあります。

関連先の通常業務にも影響が出る可能性があるため、日頃から取引の整合性が説明できるようにしておくことが重要です。

税務申告に不備がないよう徹底しよう！

税務調査は、どの会社に対しても行われる可能性があるため、必要以上に不安になってしまうことはありません。

どんなタイミングで税務調査があっても困らないように、普段から経理処理を適切に行っておきましょう。

書類や帳簿を適切に保管しておけば、税務調査のときに調査官から質問があっても、落ち着いて返答しやすくなります。

経営者や経理担当者の日ごろの意識が、税務調査の際にもそのまま反映されるものです。

税理士などの外部の専門家の力も借りながら、申告漏れなどがないように心がけておきましょう。

税務調査の目的は、申告内容を確認し、必要に応じて是正や指導を行うことにあります。

経理処理で不明な点があるときには、顧問税理士等と相談しながら整理しておくと安心です。

税務調査に適切に対応できれば、税務に関する悩みを減らすことができ、会社経営に集中できる環境が生まれます。税務処理や申告に関する正しい知識を身に付けて、税務調査や税務署と適切に向き合っていきましょう。